Současná izolace DNA a RNA ze vzorku nádorové tkáně zalité v parafinovém bločků část 1. – Příprava vzorku a deparafinace

Vzorky tkání fixovaných formalínem a zalitých v parafínu (FFPE) se běžně používají pro přípravu histologických preparátů. U těchto preparátů lze použít přehledná či speciální barvení pro zvýraznění požadovaných struktury nebo použitím protilátek (imunohistochemie) označit a vizualizovat zcela konkrétní typy molekul. Takto ošeřené vzorky (FFPE) se skladují desítky let. Dnešní postupy izolace nukleových kyselin (NA) umožňují izolaci DNA a RNA i z takto ošetřených tkání a využít tak tyto vzorky k analýze DNA a RNA, přestože pro tyto analýzy tyto vzorky nebyly původně určeny. Prvním krokem izolace NA je příprava řezů cílové tkáně. Tento postup je obsahem tohoto videa. Většinou připravujeme řezy dle hematoxylin-eosinových preparátů s vyznačenou oblastí, ze které budeme NA izolovat. Na mikrotomu nakrájíme několik řezů, které odstraníme (svrchní oxidovaná vrstva obsahuje nejvíce degradované NA). Následně připravíme 10-20 µm silné řezy o celkové velikosti přibližně 12x12 mm, ze kterých budeme izolovat DNA a RNA izolovat. Dále před vlastní izolací NA provedeme deparafinaci tkáně. Takto získanou tkáň již podrobíme lyzi a následně izolujeme DNA a RNA.